原三元宫规模宏大，为贵阳三大道观之一（另二处为大道观、南岳山道观），民国26年（1937年），为国民政府社会部贵阳社会服务处占用，改设旅舍、餐馆、浴室、俱乐部。
中华人民共和国成立后，改为宿舍，在院中建房，墙边搭蓬，房屋年久失修，渐次破败。
1982年公布为贵阳市级文物保护单位。1990年，国家拨款修复明文阁。1999年，修复船楼。
2009年，三官殿依照“修旧如旧”的原则设计重建，于7月份开工建设，占地面积124平方米，为三层重檐钢筋水泥仿古仿木结构楼房，总建筑高度为9.1米，总建筑面积327平方米。该殿抗震等级为四级。
门窗及门窗栓、确替、垂柱等构件均为古朴的样式，整体看去，古色古香，典雅壮观。
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