免职去美国 为蒋跳火坑
1946年5月,国民政府军事委员会改成国防部,何受陈诚等排挤,失去了参谋总长陆军总司令两个重要职务,而由陈诚和白崇禧分任参谋总长和国防部长,何仅任小小的重庆行营主任一职。10月18日,被蒋派往美国,担任联合国安理会军事参谋团中国代表团团长,一年多后,因国内反共战场吃紧,何奉召回国任总统府战略顾问委员会主任委员。1948年5月31日,又改任行政院政务委员兼国防部长。在中国人民解放军强大攻势打击下,以翁文灏为首的国民政府内阁总辞职,何抱着“大厦将倾,独木难支”的痛苦心情,不顾蒋和黄埔系的挽留,住到上海江湾陆军医院割痔疮去了。
1948年底到1949年初,人民解放军组织的三大战役胜利结束后直逼南京。蒋介石宣布“引退”,由李宗仁任代总统。何考虑到如跟李在南京,势必引起蒋的疑虑,遂以“避寿”为名去杭州。蒋深为感动,于3月12日何60岁生日前夕,派亲信张群, 携其亲手题写的“安危同仗,甘苦共尝”寿轴,及一封情辞恳切的亲笔信交何,要何出任李宗仁政府行政院长,以便牵掣桂系。
何感激涕零,明知临危受命组阁无异于跳火坑,但为报蒋“知遇之恩”,于3月23日当上了行政院长兼国防部长。
何当上行政院长后,提出了先签停战协定再行和谈的主张,以便依托长江天堑隔江而治,保持江南半壁河山苟延残喘。由于蒋暗中操纵,李宗仁政府没有和谈诚意,致使国共和谈破裂。
1949年4月23日人民解放军占领南京,宣告了国民党政府的灭亡。5月13日,何应钦内阁在广州集体辞职,把烂摊子甩给了阎锡山的“战时内阁”,他自己则先到香港,后到台湾。