五月十五日，腾蛟指挥三军进攻全州城，自辰至酉，炮伤敌副参顾有能等45人。二十六日夜令赵印选督全营攻北关，焦琏督全营袭南关，蒲镇一营攻西关。次日卯刻胡一青先登城，生擒清巡抚李懋祖，押送桂林斩首。各营相继攻入，悉斩清军精锐。这次战役，八次大战，五次进攻，收复了全州。史称"全州大捷"。六月，江西的清降将金声桓、广州的清降将李成栋先后反正，据地归附，声势复振。在湖南的清军逐渐退去。秋七月，腾蛟进驻全州。八月，桂王自梧州入肇庆。腾蛟再派遣曹志建、卢鼎、焦琏、赵印选等率军攻永州。围三月，大小36战，至十一月，攻占永州。接着不久，连克宝庆、衡州、常德，以前所失的土地，渐次恢复，几乎收复了湖南全境，抗清声势为之大振。这时，广东、四川等地的抗清斗争再起。清军后方的榆园军、吕梁山的起义军和关中农民义军都发动了广泛的攻势，一时间，永历政权控制的区域扩大到了云南、贵州、广西、湖南、江西、四川、广东7省，出现了南明时期第一次抗清高潮。
但由于永历政权内部党派纷争，矛盾重重，农民军也受排挤打击，不能团结对敌，这就给清军以喘息的机会。加以南明军中军心涣散，纪律废弛，将帅、士卒怯懦贪鄙，不接受何腾蛟调遣约束，各路军马各行其事，严重地削弱了战斗力，以致在以后的争战中，马进忠烧常德走武冈，王进才放弃宝庆逃走，各郡邑守将闻风溃逃。腾蛟当时驻衡州，十分惊骇，看到千里一空，忧心如焚。顺治六年(公元1649年)正月，腾蛟檄召马进忠由益阳出兵长沙，并亲往忠贞营，邀李锦入衡州，其时只带随身30名士兵前往。然而李锦已往东开拔，腾蛟即尾随至湘潭。湘潭已是一座空城，李锦弃守离开了。腾蛟便进驻危城之中。是时诸将都去增援江西，金声桓、黄飞鸾又已调往全州。马进忠听到腾蛟轻身独往，随即遣将追护，但已来不及。汉奸孔有德探知腾蛟在湘潭空城的消息，昼夜兼程追至城下，派降将徐勇以轻骑突入湘潭。率众罗拜劝腾蛟投降。徐勇原是左良玉部将，曾追随过腾蛟，腾蛟见其为虎作伥，怒火中烧，骂不绝口，举剑要砍徐勇，徐勇只好退避。十九日晓起，营垒皆空，腾蛟方巾便服坐堂上，流泪痛心地说："五年督师，心血呕尽，而结果落得这样地步，这难道是天意吗?"清军从四面八方涌来，簇拥腾蛟而去，将他安置在城外慧德庵中。明将宣威将军杨一营不知腾蛟去处，想寻找救护他，曾7次冒险单骑入危城寻访，终不可得，竞被流矢击中殉难。满洲贵族固山额真佟养和延请腾蛟谈话，劝他归顺清朝。腾蛟膝地而坐，一言不发。清军将他的家属40余口(包括他的继母孙大夫人及正妻徐夫人在内)带来胁迫他投降。腾蛟不动声色地说："老母耄矣，余无足惜，一惟命。"又强迫他投降，他说："我国不幸，大臣被掳，我肩负大明三百年纲常的重任，岂能以一身事奉两主?我是个血性男子，百折不回，你们为何还吝惜一剑，不把我杀死?"佟养和见他意志坚决，不可动摇，便退出。腾蛟居庵中，正襟危坐，谈笑自若，几次请他不去，几次馈送饮食不吃。有一天，庵中一僧将一钵清水献给他喝，他马上用手挥去说："烦劳大和尚，为我另取一壶江心水，饮了好上路。"僧人立即舀来一钵江心水奉上，腾蛟接过，望南流泪说："这江水自衡山流来，是桂王那里流来的水啊！这水可以洗涤我的肠胃，死了也好瞑目。"腾蛟饮了江水绝食七天没有死。佟养和再派人来劝降，他拒绝说："孔曰成仁，孟曰取义，衣带之遗，彼则行之，我则继之，吾志决矣，勿复多言。"佟养和叹息道："真是个硬汉，他的志向是不能改变的了。"又不忍心杀他，便给他一捆丝绳，一面汗巾，由他自裁。当时微雨初过，他从容慢步，一面以袖拂巾，一面吟七律(绝命诗)一首：
天乎人事苦难留，眉锁湘江水不流。
炼石有心嗟一木，凌云无计慰三洲。
河山赤地风悲角，社稷怀人雨溢秋。
尽瘁未能时已逝，年年鹃血染宗周。
此诗表达了他悲亡国的沉痛心情和至死不渝的民族气节，以及对祖国人民和三湘父老兄弟的深切怀念。
何腾蛟遂自缢于流水大埠桥边[时已丑(公元1649年)春正月二十六日]，终年58岁。举家40余口同时被残暴的清军杀害。腾蛟死难噩耗传出后，湖南各郡县的老百姓，莫不流涕哀悼。桂王闻讯，令三军缟素，望祭痛哭，三军皆哭，声闻数里。遂追赠何腾蛟为"中湘王"，谥号文烈，设位于肇庆天马寺，并授其子何文瑞为佥都御史，袭定兴侯。
康熙十四年(公元1675年)，清廷表彰已故明臣，谥腾蛟"忠诚"，建祠于黎平城内神鱼井旁，名"何忠诚公祠"。次年腾蛟侄(起蚊子)往湘潭扶榇归里，安葬于黎平西门外之西佛崖。继后，几经修建，命名为"明谥中湘王何腾蛟陵园"，乡人题有联曰："大埠桥边，万古芳名同日月；西佛崖上，一抔黄土壮山河。"表达了乡人对何公的景仰与崇敬。
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